Mayoz sırasında eşleştirilmiş kromozomlar. Bu tür kromozomlar, boyutunu ve konumunu şeması ile ilgili olarak da benziyoruz. Onlar da aynı genlere ama mutlaka aynı gen aynı locus veya yerde var. Tüm autosomes ve kadın cinsiyet kromozomları homolog çiftler halinde oluşur. Erkeklerin seks kromozom çoğunlukla hemizygous vardır.