Sygdomsfremkaldende mikroorganismer findes i fødevarer, normalt bakterier, svampe, parasitter, protozoans, og vira. Top ti patogener er: Salmonella; Staphylococcus Aureus; Campylobacter jejuni; Yersinia enerocolitica; Listeria monocytogenes; Vibro cholerae ikke-01; Vibrio Parahemolyticus; Bacillus cereus; Escherichia coli - enteropathogenic; og Shigella. Mange af disse patogener kan findes i forurenet kød, fjerkræ, æg, mejeriprodukter og fisk og skaldyr.